Con motivo del comienzo de las exposiciones temporales en enero de 2003 algunas de las salas de la colección permanente fueron desmontadas. El discurso y los planteamientos que sirvieron para completar un relato sobre la historia del arte español a través de las salas 6, 7, 9, 10 y 11 se reflejan aquí como parte de la historia del museo.

Sala 6: Figuras y procesos
Sala 7: Nuevas figuraciones
Sala 8: El espacio transformado
Sala 9: Presencia y experiencia
Sala 10: Reflejos del mundo
Sala 11: Capilla de los Condes de Fuensaldaña